RacCS203 เป็นสายพันธุ์ของไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มอาการทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรงซึ่งได้มาจากค้างคาว โดยรวบรวมได้จากค้างคาวมงกุฎยอดสั้นใหญ่ (อังกฤษ: Acuminate Horseshoe Bat) จากแหล่งต่าง ๆ ในประเทศไทย มีพันธุกรรมคล้ายคลึงกับสายพันธุ์ SARS-CoV-2 91.5% และเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ RmYN02 มากที่สุด โปรตีนหนาม (spike) ของมันสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับโปรตีนหนามของ RmYN02 ซึ่งทั้งสองมีความแตกต่างอย่างมากจากโปรตีนหนามของ SARS-CoV-2[1][2]

RacCS203
การจำแนกชนิดไวรัส e
ไม่ได้จัดลำดับ: ไวรัส
Realm: Riboviria
อาณาจักร: Orthornavirae
ไฟลัม: Pisuviricota
ชั้น: Pisoniviricetes
อันดับ: Nidovirales
วงศ์: Coronaviridae
สกุล: Betacoronavirus
สกุลย่อย: Sarbecovirus
สปีชีส์: Severe acute respiratory syndrome–related coronavirus

วิวัฒนาการชาติพันธุ์แก้ไข

ต้นไม้สายวิวัฒนาการแก้ไข

ต้นไม้สายวิวัฒนาการจัดเรียงบนพื้นฐานของลำดับจีโนมทั้งหมดของสายพันธุ์ SARS-CoV-2 และไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องคือ:[3][4][5]

SARS-CoV-2 related coronavirus

Rc-o319, 81% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus cornutus, อิวาเตะ, ญี่ปุ่น[6]





SL-ZXC21, 88% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, โจวชาน, เจ้อเจียง, จีน[7]



SL-ZC45, 88% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, โจวชาน, เจ้อเจียง, จีน[7]





Pangolin SARSr-COV-GX, 89% เหมือนกับ SARS-COV-2, Manis javanica, ลักลอบค้าสัตว์ป่าในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[8]




Pangolin SARSr-COV-GD, 91% เหมือนกับ SARS-COV-2, Manis javanica, ลักลอบค้าสัตว์ป่าในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[9]





RshSTT182, 92.6% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, สตึงแตรง, กัมพูชา[5]



RshSTT200, 92.6% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus shameli, สตึงแตรง, กัมพูชา[5]





RacCS203, 91.5% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus acuminatus, ฉะเชิงเทรา, ไทย[4]



RmYN02, 93.3% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus malayanus เมืองล้า, ยูนนาน, จีน[10]




RpYN06, 94.4% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus pusillus, สิบสองปันนา, ยูนนาน, จีน[3]




RaTG13, 96.1% เหมือนกับ SARS-COV-2, Rhinolophus affinis, มั่วเจียง, ยูนนาน, จีน



SARS-CoV-2









SARS-CoV-1, 79% เหมือนกับ SARS-COV-2



การเปรียบเทียบจีโนมแก้ไข

SARS-CoV-2 เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ SARSr-CoV อื่น (โดย % นิวคลิโอไทด์)[11]
สายพันธุ์ ลำดับเบสทั้งจีโนม ORF1ab S RBM ORF3a E M ORF6 ORF7a ORF7b ORF8 N ORF10
RaTG13 96.10% 96.50% 92.30% 86.30% 96.30% 99.60% 95.50% 98.40% 95.60% 99.20% 97.00% 96.90% 99.20%
RmYN02 93.60% 97.10% 72.50% 61.90% 96.40% 98.70% 94.80% 96.80% 96.20% 91.00% 48.70% 97.30% 99.20%
RacCS203 91.50% 94.30% 71.30% 61.60% 91.90% 99.10% 94.60% 96.20% 92.40% 93.90% 91.60% 93.20% 99.20%
GD/1/2019 90.20% 90.20% 83.70% 86.90% 93.20% 99.10% 93.30% 95.70% 93.40% 91.70% 92.10% 96.20% 99.20%
SL-ZC45 87.70% 89.00% 75.50% 62.50% 87.80% 98.70% 93.40% 94.60% 88.80% 94.70% 88.50% 91.10% 99.20%
SL-ZXC21 87.50% 88.70% 74.90% 61.60% 88.90% 98.70% 93.40% 94.60% 89.10% 95.50% 88.50% 91.20% 99.20%
GX-P4L 85.40% 84.80% 83.60% 80.00% 86.80% 97.40% 91.30% 90.90% 86.60% 83.50% 81.30% 91.00% 88.90%
GX-P5L 85.20% 84.60% 83.30% 79.90% 87.00% 97.40% 91.30% 90.90% 86.40% 83.50% 80.70% 91.00% 94.00%
SARS-CoV 79.30% 79.70% 72.30% 71.90% 75.30% 93.50% 85.50% 75.50% 82.10% 83.80% 45.80% 88.20% 93.20%
Rc-o319 79.20% 79.80% 72.20% 70.10% 83.30% 97.40% 86.60% 86.60% 78.40% 77.30% 52.30% 88.30% 94.90%
SARS-CoV-2 เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ SARSr-CoV อื่น (โดย % กรดอะมิโน)[11]
สายพันธุ์ ลำดับเบสทั้งจีโนม ORF1ab S RBM ORF3a E M ORF6 ORF7a ORF7b ORF8 N ORF10
RaTG13 98.50% 97.30% 90.10% 97.80% 100.00% 99.60% 100.00% 97.50% 97.70% 95.00% 99.10% 97.40%
RmYN02 98.80% 72.40% 63.20% 96.70% 100.00% 98.70% 96.70% 95.90% 83.70% 28.20% 98.60% 97.40%
RacCS203 97.30% 72.30% 63.70% 97.50% 100.00% 99.10% 98.40% 95.90% 93.00% 94.20% 95.70% -
GD/1/2019 96.70% 90.00% 96.90% 97.10% 100.00% 98.70% 96.70% 97.50% 95.40% 95.00% 97.90% 97.40%
SL-ZC45 95.60% 80.20% 65.90% 90.90% 100.00% 98.70% 93.40% 87.60% 93.00% 94.20% 94.30% 97.40%
SL-ZXC21 95.20% 79.70% 65.90% 92.00% 100.00% 98.70% 93.40% 88.40% 93.00% 94.20% 94.30% -
GX-P4L 92.50% 92.30% 86.60% 89.50% 100.00% 98.20% 95.10% 88.40% - 87.60% 93.60% 73.70%
GX-P5L 92.50% 92.40% 86.60% 89.80% 100.00% 98.20% 95.10% 88.40% 72.10% 87.60% 93.80% 84.20%
SARS-CoV 86.10% 75.80% 73.10% 72.40% 94.70% 90.50% 67.20% 85.30% 81.40% - 90.50% 81.60%
Rc-o319 87.60% 76.20% 73.50% 87.00% 98.70% 91.00% 83.60% 73.80% 69.80% 26.80% 89.50% 86.80%

ดูเพิ่มแก้ไข

  • RaTG13, 96.2% คล้ายคลึงกับ SARS-COV-2
  • RmYN02, 93.3% คล้ายคลึงกับ SARS-COV-2

อ้างอิงแก้ไข

  1. Wacharapluesadee, S; Tan, CW; Maneeorn, P; Duengkae, P; Zhu, F; Joyjinda, Y; Kaewpom, T; Chia, WN; Ampoot, W; Lim, BL; Worachotsueptrakun, K; Chen, VC; Sirichan, N; Ruchisrisarod, C; Rodpan, A; Noradechanon, K; Phaichana, T; Jantarat, N; Thongnumchaima, B; Tu, C; Crameri, G; Stokes, MM; Hemachudha, T; Wang, LF (9 February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.
  2. "Coronavirus: Bat scientists find new evidence". BBC News. 10 February 2021.
  3. 3.0 3.1 Zhou H, Ji J, Chen X, Bi Y, Li J, Wang Q, และคณะ (June 2021). "Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses". Cell: S0092867421007091. doi:10.1016/j.cell.2021.06.008. PMID 34147139.
  4. 4.0 4.1 Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, และคณะ (February 2021). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications. 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. PMC 7873279. PMID 33563978.
  5. 5.0 5.1 5.2 Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, และคณะ (26 January 2021). "A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia". bioRxiv (ภาษาอังกฤษ). pp. 2021.01.26.428212. doi:10.1101/2021.01.26.428212.
  6. Murakami S, Kitamura T, Suzuki J, Sato R, Aoi T, Fujii M, และคณะ (December 2020). "Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan". Emerging Infectious Diseases. 26 (12): 3025–3029. doi:10.3201/eid2612.203386. PMC 7706965. PMID 33219796.
  7. 7.0 7.1 Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.
  8. Lam TT, Jia N, Zhang YW, Shum MH, Jiang JF, Zhu HC, และคณะ (July 2020). "Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins". Nature. 583 (7815): 282–285. doi:10.1038/s41586-020-2169-0. PMID 32218527.
  9. Liu P, Jiang JZ, Wan XF, Hua Y, Li L, Zhou J, และคณะ (May 2020). "Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)?". PLoS Pathogens. 16 (5): e1008421. doi:10.1371/journal.ppat.1008421. PMID 32407364.
  10. Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y, และคณะ (June 2020). "A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein". Current Biology. 30 (11): 2196–2203.e3. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074.
  11. 11.0 11.1 Wacharapluesadee, Supaporn; Tan, Chee Wah; Maneeorn, Patarapol; Duengkae, Prateep; Zhu, Feng; Joyjinda, Yutthana; Kaewpom, Thongchai; Chia, Wan Ni; Ampoot, Weenassarin; Lim, Beng Lee; Worachotsueptrakun, Kanthita (2021-02-09). "Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia". Nature Communications (ภาษาอังกฤษ). 12 (1): 972. doi:10.1038/s41467-021-21240-1. ISSN 2041-1723. PMC 7873279.