ไซโกต (อังกฤษ: zygote) หรือ ไซโกไซต์ เป็นเซลล์เริ่มต้นที่ก่อตัวขึ้นเมื่อเซลล์สืบพันธุ์สองเพศผสมกันด้วยวิธีการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ ในสิ่งมีชีวิตหลายเซลล์ ไซโกตเป็นขั้นการเจริญแรกสุดของเอ็มบริโอ ในสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียว ไซโกตแบ่งตัวให้ลูกหลาน ซึ่งโดยปกติเป็นการแบ่งตัวแบบไมโทซิส

ไซโกตเกิดขึ้นจากการผสมเซลล์สืบพันธุ์สองเพศเสมอ และเป็นขั้นแรกของการเจริญของสิ่งมีชีวิตที่เป็นเอกลักษณ์ โดยปกติไซโกตเกิดขึ้นจากการปฏิสนธิระหว่างเซลล์แฮพลอยด์สองเซลล์ คือ ออวุม (เซลล์สืบพันธุ์เพศเมีย) กับสเปิร์ม (เซลล์สืบพันธุ์เพศผู้) ซึ่งรวมกันเกิดเป็นเซลล์ดิพลอยด์หนึ่งเซลล์ ไซโกตนั้นมีดีเอ็นเอที่มาจากทั้งพ่อและแม่ และให้ข้อมูลพันธุกรรมที่จำเป็นต่อการสร้างสิ่งมีชีวิตใหม่