อุโมงค์ฐาน (อังกฤษ: base tunnel) เป็นชื่อเรียกอุโมงค์ประเภทหนึ่ง หมายถึงอุโมงค์ที่เจาะเข้าไปใต้ฐานของภูเขาหรือเทือกเขา ทำให้สามารถลดความชัน ความโค้งของเส้นทาง และร่นระยะทางได้มาก ในขณะเดียวกันอาจทำให้อุโมงค์นั้นยาวขึ้นมาก มักเป็นอุโมงค์สำหรับทางรถไฟ (แต่ไม่เสมอไป) ต่างจากอุโมงค์ปกติที่มักก่อสร้างเป็นแห่ง ๆ ความยาวสั้น ๆ ตามเส้นทางเลียบไปบนภูเขาหรือเทือกเขา เนื่องจากการก่อสร้างอุโมงค์นั้นมีค่าใช้จ่ายสูง

อุโมงค์ฐานต่าง ๆ อาทิ: