ผลต่างระหว่างรุ่นของ "ขั้นตอนวิธีสมิธ-วอเตอร์แมน"
เนื้อหาที่ลบ เนื้อหาที่เพิ่ม
ล r2.7.1) (โรบอต เพิ่ม: pt:Algoritmo de Smith-Waterman |
Octahedron80 (คุย | ส่วนร่วม) ไม่มีความย่อการแก้ไข |
||
บรรทัด 1:
'''ขั้นตอนวิธีสมิธ-วอเตอร์แมน ''' ({{lang-en|Smith-Waterman algorithm}})
เป็นขั้นตอนวิธีสำหรับการปรับแนวของลำดับเฉพาะที่ เพื่อหารูปแบบของลำดับให้เหมือนลำดับสองลำดับที่ต้องการ มากที่สุด
บรรทัด 14:
</blockquote>
<blockquote>
-ถ้าลำดับลำดับที่ i,j ของลำดับที่ 1 และ 2 ตรงกัน <math> w(a_i,b_j) =2 </math>ถ้าไม่ตรงกัน<math>
</blockquote>
<blockquote>
บรรทัด 22:
<math>
H(i,j) = \max \begin{Bmatrix}
0
H(i-1,j-1) + \ w(a_i,b_j) & \text{Match/Mismatch} \\
H(i-1,j) - 1
H(i,j-1) - 1
\end{Bmatrix}
,\; 1\le i\le m, 1\le j\le n
บรรทัด 46:
</blockquote>
</blockquote>
4. พิจารณ์กรณีต่างๆ โดยดูจากเมตริกซ์และพิกัดที่เปลี่ยนไป จนเป็นลำดับที่ต้องการ
== '''''ตัวอย่าง''''' ==
บรรทัด 57:
<math>H =
\begin{pmatrix}
-&0&0&0&0&0&0&0&0&0 \\
A&0&2&1&2&1&2&1&0&2 \\
บรรทัด 69:
\end{pmatrix}
</math>
คิดย้อนกลับเมตริกซ์ จะได้พิกัด (8,8), (7,7), (7,6), (6,5), (5,4), (4,3), (3,2), (2,1), (1,1), (0,0)
* จาก (8,8) ไป (7,7) แสดงถึง ตัวสุดท้ายมาจาก ตัวสุดท้ายของลำดับแรกและลำดับที่สอง โดย (7,7) จะชี้ถึงตำแหน่งของลำดับในพิกัดที่ 2 และ 1 ตามลำดับ
* จาก (7,7) ไป (7,6) แสดงถึง ตัวถัดไปของลำดับที่สองจะไม่ถูกไม่ใช้ โดย (7,6) จะชี้ถึงตำแหน่งของลำดับในพิกัดที่ 2 และ 1 ตามลำดับ ; เรียกว่า การสอดใส่ (อังกฤษ : Insertion)
...
* จาก (2,1) ไป (1,1) แสดงถึงตัวถัดไปของลำดับแรกจะไม่ถูกใช้ โดย (1,1) จะชี้ถึงตำแหน่งของลำดับในพิกัดที่ 2 และ 1 ตามลำดับ ; เรียกว่า การหลุดหาย (อังกฤษ : Deletion)
...
* คิดย้อนกลับไปจนถึงพิกัด (0,0) จะได้ลำดับดังนี้
ลำดับแรก = A-CACACTA
|