ต่อมาในปี 2563 หาดใหญ่ ซิตี้ ได้ขอแจ้งพักทีม เนื่องจาก[[การระบาดทั่วของโควิด-19 ในประเทศไทย]] และปัญหาเรื่องงบประมาณในการทำสโมสร<ref>{{cite web |url=https://www.facebook.com/hatyaicityfootballclub/posts/2546059205707026/ |title=สโมสรฟุตบอลหาดใหญ่ ซิตี้ |publisher=Hatyai City |date=5 August 2020 |access-date=7 September 2021}}</ref>
และในปี 2564 หาดใหญ่ ซิตี้ ได้ยุบรวมกับยังสิงห์ ยูไนเต็ด สโมสรจาก[[ไทยแลนด์ อเมเจอร์ลีก]] เปลี่ยนชื่อเป็นสโมสรฟุตบอลยังสิงห์ หาดใหญ่ ยูไนเต็ด และได้กลับมาส่งทีมอีกครั้ง ใน[[ไทยลีก 3 ฤดูกาล 2564–65|ฤดูกาล 2564–65]]<ref>{{cite web |url=https://www.ballthai.com/อย่างเป็นทางการ-กำเนิดใหม่สโมสร-t3-โซนใต้-ยังสิงห์-หาดใหญ่-ยูไนเต็ด/ |title=อย่างเป็นทางการ!! กำเนิดใหม่สโมสร T3 โซนใต้ “ยังสิงห์ หาดใหญ่ ยูไนเต็ด” |publisher=ballthai.com |date=26 June 2021 |access-date=7 September 2021}}</ref><ref>{{cite web |url=https://www.supersubthailand.com/th/news/108828-%E0%B8%AA%E0%B9%88%E0%B8%87%E0%B9%84%E0%B8%A1%E0%B9%89%E0%B8%95%E0%B9%88%E0%B8%AD!-%E0%B8%AB%E0%B8%B2%E0%B8%94%E0%B9%83%E0%B8%AB%E0%B8%8D%E0%B9%88-%E0%B9%81%E0%B8%96%E0%B8%A5%E0%B8%87%E0%B8%A1%E0%B8%AD%E0%B8%9A%E0%B8%AA%E0%B8%B4%E0%B8%97%E0%B8%98%E0%B8%B4%E0%B9%8C%E0%B8%97%E0%B8%B3%E0%B8%97%E0%B8%B5%E0%B8%A1%E0%B8%8B%E0%B8%B5%E0%B8%8B%E0%B8%B1%E0%B9%88%E0%B8%99%E0%B8%AB%E0%B8%99%E0%B9%89%E0%B8%B2%E0%B9%83%E0%B8%AB%E0%B9%89-%E0%B8%A2%E0%B8%B1%E0%B8%87%E0%B8%AA%E0%B8%B4%E0%B8%87%E0%B8%AB%E0%B9%8C |title=ส่งไม้ต่อ! หาดใหญ่ แถลงมอบสิทธิ์ทำทีมซีซั่นหน้าให้ ยังสิงห์ |publisher=supersubthailand.com |date=25 June 2021 |access-date=20 July 2021}}</ref>
