ดัชนีการอ้างอิง (อังกฤษ: citation index) เป็นดัชนีบรรณานุกรมประเภทหนึ่ง เป็นดัชนีการอ้างอิงระหว่างสิ่งพิมพ์เผยแพร่ ทำให้ผู้ใช้สามารถค้นว่าเอกสารภายหลังอ้างอิงเอกสารก่อนหน้าใดบ้างได้ง่าย พบรูปแบบแรก ๆ ของดัชนีการอ้างอิงในวรรณกรรมศาสนาฮีบรูสมัยคริสต์ศตวรรษที่ 12 ดัชนีการอ้างอิงกฎหมายพบในคริสต์ศตวรรษที่ 18 และมีการทำให้แพร่หลายใน เชพเพิดส์ไซเทชัน (1873) ในปี 1960 สถาบันสารสนเทศวิทยาศาสตร์ (ISI) ของยูจีน การ์ฟีลด์ริเริ่มดัชนีอ้างอิงแรกสำหรับเอกสารที่จัดพิมพ์ในวารสารวิชาการ ทีแรกเป็นดัชนีการอ้างอิงวิทยาศาสตร์ (SCI) และต่อมาเป็นดัชนีการอ้างอิงสังคมศาสตร์ (SSCI) และดัชนีการอ้างอิงศิลปศาสตรฺและมนุษยศาสตร์ (AHCI) ในปี 1997 ไซต์เซียร์ (CiteSeer) มีการจัดทำดัชนีการอ้างอิงอัตโนมัติครั้งแรก แหล่งข้อมูลอื่นสำหรับข้อมูลเช่นว่าได้แก่ กูเกิล สคอลาร์ และสโกปัสของแอ็ลเซอเฟียร์