ช่วงปลายราชวงศ์หมิง โดยเฉพาะสมัยพระเจ้าหมิงซือจงมีการก่อจลาจลต่อเนื่องจากปัญหาสะสมของการปกครองที่มีช้านานและมิได้รับการแก้ไขอย่างจริงจัง สาเหตุของการจลาจลโดยประชาชน คือ
- การผนวกที่ดินของราษฎรให้ตกเป็นของจักรพรรดิ ขุนนาง และขันที ทำให้ราษฎรเสียกรรมสิทธิ์ที่ดิน กลายเป็นผู้เช่าทำนา หมดสิ้นความหวังในอนาคต
- ภาษีเบ็ดเตล็ด ปลายราชวงศ์หมิงมีการคุกคามจากศึกสงครามบ่อยครั้ง ต้องใช้จ่ายเงินจำนวนมาก จึงมีการขึ้นภาษีและกำหนดภาษีหลากประเภทเพิ่ม ราษฎรมิอาจแบกรับภาษีได้ จึงต้องหลบหนีและใช้ชีวิตเร่ร่อน ไร้อนาคต
- ความไม่พอใจของทหารและพลนำสาส์น การฉ้อราษฎร์บังหลวงของพวกขุนนางและขันที การเบียดยังเสบียงทหารหรือเบี้ยเลี้ยงทำกันมาช้านาน กลายเป็นความแค้นสั่งสมที่ทหารมีต่อจักรพรรดิและกลุ่มขุนนาง
เนื่องจากสมัยพระเจ้าหมิงซือจง มณฑลส่านซีเกิดภัยแล้งและโรคระบาด ทหารส่วนหนึ่ง ประชาชนผู้ยากไร้ รวมตัวกันต่อต้านราชวงศ์หมิง แล้วแผ่กระจายแนวคิดนี้ไปทุกท้องที่ โดยเฉพาะกลุ่มที่มีอิทธิพลสูง คือ กลุ่มของหลี่จื้อเฉิงและจางเซียนจง มีกำลังพลมากที่สุด หลี่จื้อเฉิงตั้งตนเป็น ฉ่วงหวัง ที่เมืองซีอาน เขานำกำลังพลบุกยึดเมืองปักกิ่งได้ในช่วงปี ค.ศ. 1644 พระเจ้าหมิงซือจงหนีออกจากพระราชวังแล้วผูกพระศอปลงพระชนม์ตนเองที่ ภูเขาเหมยซาน ของปักกิ่งนั่นเอง ราชวงศ์หมิงถึงกาลสิ้นสุดลงสมบูรณ์
อีกด้านหนึ่งทหารชิงอาศัยสถานการณ์วุ่นวายในเมืองปักกิ่งและการแย่งชิงอำนาจในราชวงศ์
หมิงพยายามนำกำลังทหารตีด่านซานไห่กวนเพื่อยึดครองแผ่นดินจีน แต่แม่ทัพ อู๋ซานกุ้ย รักษาด่านไว้เต็มความสามารถ จนกระทั่งคาดการณ์ว่าต้านทานได้มินาน กอปรกับทราบข่าวจากเมืองหลวงว่า หลี่จื้อเฉิงยึดพระราชวังได้แล้ว พระเจ้าหมิงซือจงปลงพระชนม์ตนเอง เขาเลือกจะยอมจำนนกับฝ่ายใดฝ่ายหนึ่ง ช่วงตัดสินใจเขาได้ข่าวว่า หลี่จื้อเฉิงจับภรรยาน้อยนามว่า เฉินหยวนหยวน ผู้งดงามและเป็นคนโปรดของเขาไป ด้วยความโกรธแค้นเขาเลือกยอมจำนนต่อกองทัพชิง ทำให้ทหารชิงนำกองทัพบุกล้อมปักกิ่งอย่างง่ายดาย การตัดสินใจครั้งนี้อู๋ซันกุ้ยจึงถูกประณามจากชาวจีนจนถึงปัจจุบันว่า เป็นทหารหมิงทรยศต่อแผ่นดินเกิดและเห็นแก่ผู้หญิงมากกว่าหน้าที่ของทหาร ทั้งที่เขาเป็นแม่ทัพผู้เก่งกล้าและชาญฉลาดอย่างมาก
หลังจากทหารชิงล้อมเมืองปักกิ่งซึ่งหลี่จื้อเฉิงครอบครองมาพักใหญ่ หลี่จื้อเฉิงมีกำลังพลน้อยกว่า จึงตีฝ่าวงล้อมออกไปตั้งมั่นที่ส่านซี ทหารชิงยึดเมืองปักกิ่งได้สำเร็จและย้ายเมืองหลวงของตนจากเมืองเสิ่นหยังไปยังเมืองปักกิ่ง จากนั้นกองทัพชิงจึงไล่ล่าโจมตีกองทหารของหลี่จื้อเฉิงและผู้นำคนอื่นถูกสังหารที่อู่ชัง ส่วนกองทหารของจางเซี่ยนจงถูกตีแตกพร้อมสังหารผู้นำได้ที่เสฉวน
เมื่อพระเจ้าหมิงซือจงฆ่าตัวตายแล้ว ขุนนางและเชื้อพระวงศ์ผู้ภักดีต่อราชวงศ์หมิงหนีร่นไปตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นที่ภาคใต้นานถึง 18 ปี นักประวัติศาสตร์เรียกว่า “หมิงใต้ (หนานหมิง)” ต่อมาทหารชิงยกทัพใหญ่ลงทางใต้เพื่อกวาดล้างพวกหมิงใต้และกลุ่มต่อต้านทั้งหลาย ในที่สุดก็สามารถรวบรวมประเทศจีนเป็นเอกภาพได้อีกครั้งหนึ่งของประวัติศาสตร์จีน
