แม่น้ำกูเนเน (โปรตุเกส: Cunene) เป็นแม่น้ำในแอฟริกาตอนใต้ ไหลผ่านที่ราบสูงในประเทศแองโกลา ไหลไปทางใต้เป็นแนวเขตแดนระหว่างประเทศแองโกลาและนามิเบีย ลงสู่มหาสมุทรแอตแลนติก เป็นหนึ่งในแม่น้ำสายยาวไม่กี่แห่งในภูมิภาคนี้ มีความยาว 1,050 เมตร (652 ไมล์) มีพื้นที่รับน้ำ 106,560 ตร.กม. (41,143 ตร.ไมล์) หมายถึงระบายน้ำออกต่อปีที่ 174 ม³/วิ

แผนที่การไหลของแม่น้ำกูเนเน