ท่านมุ่งเน้นการสอนให้เห็นถึงความสำคัญของ "การรู้ตน" (realization of the self) และโจมตี "ความรักต่อสิ่งที่ไม่เป็นนิรันดร์" (love towards perishable things) แนวคำสอนของสาอีบาบาวนเวียนอยู่กับแนวคิดทางจริยศาสตร์เกี่ยวกับความรัก, การให้อภัย, การช่วยเหลือผู้อื่น, การแบ่งปัน, ความมักน้อย, ความสงบภายใน และการทุ่มเทให้แก่พระเจ้าและคุรุ ท่านเน้นย้ำความสำคัญของการสยบยอมต่อ ''สัตคุรุ'', แท้จริง ผู้ที่ได้เดินทางในเส้นทางสู่ความรู้ตนสูงสุด (divine consciousness) สำเร็จแล้ว และจะนำพาผู้ติดตามของท่านผ่านป่าไม้ของการฝึกฝนทางจิตวิญญาณต่อไป<ref name="Sri Sai Satcharitra">Sri Sai Satcharitra</ref>
สาอีบาบาประณามการแบ่งแยกด้วยมูลทางศาสนาและวรรณะ ยังควคงไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดว่าท่านสาอีบาบาเป็นมุสลิมหรือเป็นฮินดู อย่างไรก็ตาม ไม่ได้เป็นเรื่องที่สาอีบาบาให้ความสำคัญ<ref name="Rigopoulos 1993 3">{{cite book|title=The Life and Teachings of Sai Baba of Shirdi|last=Rigopoulos|first=Antonio|publisher=[[State University of New York Press|SUNY]]|year=1993|isbn=0-7914-1268-7|page=3}}</ref> เนื่องจากคำสอนของสาอีบาบาเป็นการรวมระหว่างคำสอนของ[[ศาสนาฮินดู]]และ[[ศาสนาอิสลาม]] ท่านตั้งชื่อ ''ทวารกามายี'' (Dwarakamayi) ซึ่งเป็นชื่อฮินดูให้กับมัสยิดที่ท่านเคยอาศัย<ref name="hoiberg">{{cite book | author1 = D. Hoiberg | author-link = Dale Hoiberg | author2 = I. Ramchandani | title = Students' Britannica India | publisher = Popular Prakashan | year = 2000 | url = https://books.google.com/books?id=ISFBJarYX7YC&pg=PA324 | page = 324 | url-status=live | archive-url = https://web.archive.org/web/20180303194030/https://books.google.com/books?id=ISFBJarYX7YC&pg=PA324 | archive-date = 3 March 2018| isbn = 9780852297605 }}</ref> และได้เข้าไปปฏิบัติทั้งพิธีกรรมฮินดูและอิสลาม รวมถึงสั่งสอนด้วยถ้อยคำและตัวละครจากทั้งสองศาสนา คำพูดเฉียบคม (epigrams) สำคัญของท่าน ทั้ง ''[[Allah|อัลลาห]][[Malik|มาลิก]]'' (Allah Malik; ''พระเป็นเจ้าคือผู้สูงสุด'') และ ''สะบะกามาลิกเอก'' (Sabka Malik Ek; ''ผู้นำของทุกคนมีหนึ่งเดียว'') มีความเกี่ยวข้องกับทั้งสองศาสนา และท่านยังเป็นผู้กล่าวประโยค "จงมองมาที่เรา แล้วเราจะมองกลับไปยังเจ้า" (Look to me, and I shall look to you)<ref name="Sri Sai Satcharitra" /> และ ''อัลลาหเตราภลากะเรคา'' (''Allah tera bhala karega''<ref>{{cite web |url= https://books.google.com/books?id=gXdja6zClm4C&q=allah+bhala+karega |title= The Illustrated Weekly of India, Volume 102, Issues 1-22 |date= 1981 |publisher= Published for the proprietors, Bennett, Coleman & Company, Limited, at the Times of India Press, 1981 |access-date= 4 January 2017 |quote= "One of his favourite words of benediction to devotees was Allah tera bhala karega (God will bless you)}}</ref>; พระเจ้าจะปกป้องท่าน)
