เอฟ-35 มีปืนกลอากาศ[[จีเอยู-12 อีควอไลเซอร์|จีเอยู-22/เอ]]สี่ลำกล้องขนาด 25 ม.ม.<ref>[http://www.gdatp.com/products/Gun_Systems/JSF/JSF.htm F-35 gun system], General Dynamics Armament and Technical Products.</ref> ในเอฟ-35เอปืนใหญ่อากาศจะติดตั้งอยู่ภายในพร้อมกระสุน 180 นัด ในเอฟ-35บีและซีจะมีกระสุนในกระเปาะภายในเพิ่มอีก 220 นัด<ref name="F-35_Stats">[http://www.jsf.mil/downloads/mediakits/7764.zip "F-35 Joint Strike Fighter Media Kit Statistics"] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190626203103/http://www.jsf.mil/downloads/mediakits/7764.zip |date=26 June 2019 }}. JSF.mil August 2004.</ref><ref>[http://www.globalsecurity.org/military/systems/aircraft/f-35-specs.htm "F-35 specifications."] ''GlobalSecurity.org''.</ref> แท่นปืนสำหรับบีและซีนั้นจะเป็นแบบเก็บเพื่ออำพราง แท่นนี้จะสามารถถูกใช้สำหรับอุปกรณ์ที่แตกต่างออกไปในอนาคต<ref>[http://www.f-16.net/news_article3837.html F-35 Lightning II status and future prospects]</ref>
ภายในจะมีขีปนาวุธอากาศสู่อากาศสองลูกและอาวุธอากาศสู่อากาศหรืออากาศสู่พื้นสองชิ้น (ระเบิดขนาด 2,000 ปอนด์ สองลูกในแบบเอและซี ระเบิดขนาด 1,000 ปอนด์สองลูกในแบบบี)<ref>[http{{cite web|url=https://eswww.is.ittairforce-technology.com/JSFnews/newslockheed-orders-additional-f-35-carriage-and-release-systems-from-exelis-4500427/|title=Lockheed Suite.htmorders JSFadditional Suite: BRUF-67,35 BRU-68carriage Bomband Rackrelease Unitssystems andfrom LAU-147 Launcher]{{ลิงก์เสียExelis|date=สิงหาคม1 February 2015|work=Air Force Technology|publisher=Verdict 2552Media}}</ref>สามารถนำมาใช้ได้เช่นกัน<ref name="F-35_prog_brief_Sept2006">[http://www.jsf.mil/downloads/documents/AFA%20Conf%20-%20JSF%20Program%20Brief%20-%2026%20Sept%2006.pdf "F-35 Program Brief."] ''USAF'', 26 September 2006.</ref> นั่นอาจเป็น[[เอไอเอ็ม-120 แอมแรม]] [[เอไอเอ็ม-132 แอสแรม]] [[เจแดม]] ระเบิดเส้นผ่าศูนย์กลางขนาดเล็กโดยใช้มากสุดได้อย่างละ 4 ในแต่ละช่องเก็บอาวุธ [[ขีปนาวุธบริมสโตน]]และชุดระเบิดพวง<ref name="F-35_prog_brief_Sept2006"/> ขีปนาวุธอากาศสู่อากาศ[[เอ็มบีดีเอ เมเทโอร์]]กำลังถูกนำมาใช้เพื่อเติมเต็มช่องเก็บอาวุธ สหราชอาณาจักรได้วางแผนเอาไว้ว่าจะใส่เอไอเอ็ม-132 แอมแรมเข้าไปสี่ลูก แต่ก็เปลี่ยนเป็นติดตั้งทั้งด้านในและด้านนอกอย่างละสองแทน<ref>[http://www.f-16.net/news_article2762.html "F-35 Lightning II News: ASRAAM Config Change For F-35."] ''f-16.net'', 4 March 2008.</ref> ยังมีการกล่าวอีกด้วยว่าช่องเก็บอาวุธจะถูกดัดแปลงเพื่อให้รับแอมแรมได้ 6 ลูก<ref>{{cite web|url=http://www.aviationweek.com/aw/blogs/defense/index.jsp?plckController=Blog&plckScript=blogScript&plckElementId=blogDest&plckBlogPage=BlogViewPost&plckPostId=Blog%3a27ec4a53-dcc8-42d0-bd3a-01329aef79a7Post%3a4f04259d-8fca-4e42-8e17-44f5dca7edf4 |title=Amraams |publisher=Aviationweek.com |date=2007-11-08 |accessdate=2009-08-15}}</ref>
เมื่อเรดาร์สามารถตรวจจับสิ่งใดก็ตามที่ยื่นออกจากเครื่องบิน ขีปนาวุธ ระเบิด และถังเชื้อเพลิงมากมายจึงสามารถซึ่งติดบนปีกหรือปลายปีกได้จึงลดความสามารถในการอำพรางลง สองตำแหน่งที่ปลายปีกสามารถติดตั้ง[[เอไอเอ็ม-9 ไซด์ไวน์เดอร์#เอไอเอ็ม-9เอ็กซ์|เอไอเอ็ม-9เอ็กซ์]]ได้เท่านั้น จุดอื่นๆ สามารถติดตั้งเอไอเอ็ม-120 แอมแรม [[สตอร์ม ชาโดว์]] [[เอจีเอ็ม-158 แจสม์]] ระเบิดนำวิถี ถังเชื้อเพลิงขนาด 480 และ 600 แกลลอน<ref>Keijsper 2007, p. 239.</ref> ช่องเก็บอาวุธภายในสามารถเก็บเอไอเอ็ม-120 แปดลูกและเอไอเอ็ม-9 สองลูก<ref name="F-35_prog_brief_Sept2006"/><ref name="JSFrange">Digger, Davis. [http://www.dtic.mil/ndia/2007targets/Day1/Davisday1.pdf "JSF Range & Airspace Requirements."] ''Headquarters Air Combat Command'', Defense Technical Information Center, 30 October 2007. Retrieved: 3 December 2008.</ref> ด้วยความสามารถในการบรรทุกเอฟ-35 สามารถขนอาวุธได้มากกว่าเครื่องบินขับไล่แบบอื่นๆ รวมทั้ง[[เอฟ-22 แร็พเตอร์]]<ref>{{cite web|url=http://article.nationalreview.com/?q=MzM3M2U5NDBjYjE0ODI1ZjFlYjYzZjFlZWZjZjhiMmI= |title=National Review |publisher=National Review |date=2007-01-15 |accessdate=2009-08-15}}</ref> เลเซอร์ของแข็งกำลังถูกพัฒนาเพื่อเป็นอาวุธทางเลือกสำหรับเอฟ-35 ในปีพ.ศ. 2545<ref>Fulghum, David A. "[http://web.archive.org/web/20040626050316/http://www.aviationnow.com/content/publication/awst/20020708/aw32.htm Lasers being developed for F-35 and AC-130]." ''Aviation Week and Space Technology'', (8 July 2002). Access date: 8 February 2006.</ref><ref>Morris, Jefferson. "[http://web.archive.org/web/20040604124353/http://www.aviationnow.com/avnow/news/channel_military.jsp?view=story&id=news/masd0926.xml Keeping cool a big challenge for JSF laser, Lockheed Martin says]." ''Aerospace Daily'', 26 September 2002. Access date: 3 June 2007.</ref><ref>Fulghum, David A. "[http://web.archive.org/web/20040613094437/http://www.aviationnow.com/content/publication/awst/20020722/aw173.htm Lasers, HPM weapons near operational status]." ''Aviation Week and Space Technology'', 22 July 2002. Access date: 8 February 2006.</ref>
