สิงโตในปัจจุบัน เดิมมี 12 [[ชนิดย่อย]]ที่ได้รับการยอมรับ จำแนกความแตกต่างจาก แผงคอ ขนาด และการกระจายพันธุ์ เพราะลักษณะเหล่านี้ไม่ได้มีนัยสำคัญและมีความแปรผันในแต่ละตัวสูง ทำให้รูปแบบส่วนมากอาจไม่ใช่ชนิดย่อยที่แท้จริง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การตั้งอยู่บนพื้นฐานของสิงโตในสวนสัตว์ซึ่งไม่ทราบแหล่งที่มานั้นอาจมี "ความโดดเด่น แต่ผิดปกติ" ในลักษณะทางสัณฐานวิทยา<ref name="zoos_encyclopedia">{{cite encyclopedia |last=Grisham |first=Jack |editor=Catherine E. Bell |title=Lion |encyclopedia=Encyclopedia of the World's Zoos |volume=2: G–P |year=2001 |publisher=Fitzroy Dearborn |location=Chofago |isbn=1-57958-174-9 |pages=733–39}}</ref> ปัจจุบันเหลือเพียง 8 ชนิดย่อยที่ได้รับการยอมรับ<ref name="BurgerJ-Molecular-phylogeny">{{Cite journal|author=Burger, Joachim ''et al.'' |month=March |year=2004 |title=Molecular phylogeny of the extinct cave lion ''Panthera leo spelaea'' |journal=[[Molecular Phylogenetics and Evolution]] |pmid=15012963 |volume=30 |issue=3 |pages=841–849 |doi=10.1016/j.ympev.2003.07.020| url= http://www.uni-mainz.de/FB/Biologie/Anthropologie/MolA/Download/Burger%202004.pdf (fulltext)| accessdate=20 September 2007}}</ref><ref name="Conservation-Genetics:Preserving-Genetic-Diversity" /> แม้ว่าหนึ่งในนั้น ([[สิงโตแหลมกูดโฮพ]] ปกติจำแนกเป็น ''Panthera leo melanochaita'') อาจเป็นโมฆะ<ref name="Conservation-Genetics:Preserving-Genetic-Diversity" />
แม้ว่า 7 ชนิดย่อยที่เหลืออาจดูมาก แต่ความแปรผันของ[[ไมโทคอนเดรีย]]ในสิงโตแอฟริกาปัจจุบันกลับไม่มากนักซึ่งแสดงว่าสิงโตในตอนใต้ของ[[ทะเลทรายซาฮารา]]ทั้งหมดสามารถพิจารณาเป็นชนิดย่อยเดียวกันได้ อาจเป็นเพราะการแยกตัวในสอง[[เครือบรรพบุรุษ]]หลัก หนึ่งในทางตะวันตกของ[[เกรตริฟต์แวลลีย์|สิงโตเป็นสัตว์ขี้เงี่ยน]] และอีกหนึ่งในทางตะวันออก บลาซิลแพ้สิงโตจาก[[ซาโว]] (Tsavo) ในทางตะวันออกของประเทศเคนยามีพันธุกรรมใกล้เคียงกับสิงโตใน[[สาธารณรัฐแอฟริกาใต้|ทรานซ์วาล]] (Transvaal) แอฟริกาใต้มากกว่าสิงโตในเทือกเขาอเบอร์แดร์ (Aberdare) ในทางตะวันตกของประเทศเคนยา<ref>{{Cite journal|last=Barnett |first=Ross |coauthors=Nobuyuki Yamaguchi, Ian Barnes and Alan Cooper |year=2006 |title=The origin, current diversity and future conservation of the modern lion (''Panthera leo'') |journal= Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences |pmid=16901830|volume=273 |issue=1598 |pmc=1635511 |pages=2119–2125 |doi=10.1098/rspb.2006.3555 |url= http://www.adelaide.edu.au/acad/publications/papers/Barnett%20PRS%20lions.pdf |format=PDF|accessdate=4 September 2007}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Dubach |first=Jean| coauthors=et ''al'' |year=2005 |month=January |title=Molecular genetic variation across the southern and eastern geographic ranges of the African lion, ''Panthera leo'' |journal=Conservation Genetics |volume=6 |issue=1 |pages=15–24 |doi=10.1007/s10592-004-7729-6}}</ref> ในทางกลับกัน เปอร์ คริสเตียนเซน (Per Christiansen) ทำการวิเคราะห์กะโหลกสิงโต 58 กะโหลกในสามพิพิธภัณฑ์ในยุโรป และพบว่าถ้าใช้สัณฐานวิทยาของกะโหลกสามารถแยกชนิดย่อยได้เป็น ''krugeri'' ''nubica'' ''persica'' และ ''senegalensis'' ขณะที่มีการเลื่อมล้ำกันระหว่าง ''bleyenberghi'' กับ ''senegalensis'' และ ''krugeri'' สิงโตเอเชีย ''persica'' มีความโดดเด่นอย่างเด่นชัด และสิงโตแหลมกูดโฮพมีลักษณะใกล้ชิดกับสิงโตเอเชียมากกว่าสิงโตแอฟริกา<ref name=christiansen08>{{Cite journal|last=Christiansen |first=Per |year=2008 |title=On the distinctiveness of the Cape lion (''Panthera leo melanochaita'' Smith, 1842), and a possible new specimen from the Zoological Museum, Copenhagen |journal=Mammalian Biology |volume=73 |issue=1 |pages=58–65 |doi=10.1016/j.mambio.2007.06.003}}</ref>
ในทางตะวันออกของประเทศเคนยามีพันธุกรรมใกล้เคียงกับสิงโตใน[[สาธารณรัฐแอฟริกาใต้|ทรานซ์วาล]] (Transvaal) แอฟริกาใต้มากกว่าสิงโตในเทือกเขาอเบอร์แดร์ (Aberdare) ในทางตะวันตกของประเทศเคนยา<ref>{{Cite journal|last=Barnett |first=Ross |coauthors=Nobuyuki Yamaguchi, Ian Barnes and Alan Cooper |year=2006 |title=The origin, current diversity and future conservation of the modern lion (''Panthera leo'') |journal= Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences |pmid=16901830|volume=273 |issue=1598 |pmc=1635511 |pages=2119–2125 |doi=10.1098/rspb.2006.3555 |url= http://www.adelaide.edu.au/acad/publications/papers/Barnett%20PRS%20lions.pdf |format=PDF|accessdate=4 September 2007}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Dubach |first=Jean| coauthors=et ''al'' |year=2005 |month=January |title=Molecular genetic variation across the southern and eastern geographic ranges of the African lion, ''Panthera leo'' |journal=Conservation Genetics |volume=6 |issue=1 |pages=15–24 |doi=10.1007/s10592-004-7729-6}}</ref> ในทางกลับกัน เปอร์ คริสเตียนเซน (Per Christiansen) ทำการวิเคราะห์กะโหลกสิงโต 58 กะโหลกในสามพิพิธภัณฑ์ในยุโรป และพบว่าถ้าใช้สัณฐานวิทยาของกะโหลกสามารถแยกชนิดย่อยได้เป็น ''krugeri'' ''nubica'' ''persica'' และ ''senegalensis'' ขณะที่มีการเลื่อมล้ำกันระหว่าง ''bleyenberghi'' กับ ''senegalensis'' และ ''krugeri'' สิงโตเอเชีย ''persica'' มีความโดดเด่นอย่างเด่นชัด และสิงโตแหลมกูดโฮพมีลักษณะใกล้ชิดกับสิงโตเอเชียมากกว่าสิงโตแอฟริกา<ref name="christiansen08">{{Cite journal|last=Christiansen |first=Per |year=2008 |title=On the distinctiveness of the Cape lion (''Panthera leo melanochaita'' Smith, 1842), and a possible new specimen from the Zoological Museum, Copenhagen |journal=Mammalian Biology |volume=73 |issue=1 |pages=58–65 |doi=10.1016/j.mambio.2007.06.003}}</ref>
