ผลต่างระหว่างรุ่นของ "มหัศจรรย์สาวน้อย พริตตี้เคียว"

มิสึมิ นางิสะ นักกีฬาชมรมลาครอสชั้น ม.2 ของโรงเรียนเวโรเน่ได้เจอกับตัวประหลาดจากสวนแห่งแสงสว่างที่ชื่อว่า "เมปเปิ้ล" ในคืนที่มีฝนดาวตก ในขณะเดียวกัน ยูกิชิโระ โฮโนกะ นักเรียนผู้ได้รับฉายาว่า "ราชินีอัจฉริยะ" เพื่อนร่วมห้องเดียวกันก็เจอตัวประหลาดแบบเดียวกันที่ชื่อ "มิปเปิ้ล" อีกต่างหาก ทั้งคู่จึงตกกระไดพลอยโจนกลายเป็นนักรบในตำนานพริตตี้เคียวแบบไม่ตั้งใจเพื่อปกป้องปริซึมสโตน หินทั้ง 7 ที่มีพลังแห่งการเกิดของสวนแห่งแสงสว่างจากเหล่าร้ายดาร์คคิง นางิสะและกับโฮโนกะจะต้องร่วมมือกับเมปเปิ้ลและมิปเปิ้ลเพราะถ้ามันถูกแย่งชิงไปได้ทั้งหมดละก็... แม้แต่สวนแห่งสายรุ้งหรือโลกของเราก็จะไม่เหลือแน่

เหตุการณ์ผ่านไปไม่นานจากภาคแรก ทั้งๆ ที่คิดว่าคงไม่สามารถเป็นพริตตี้เคียวได้อีกแล้ว เมปเปิ้ลและมิปเปิ้ลปเปิ้ลกับมิปเปิ้ลก็ตื่นขึ้นมาอีกครั้ง ในตอนที่นางิสะและกับโฮโนกะกำลังคับขัน นักรบในตำนานพริตตี้เคียวจึงเกิดขึ้นมาใหม่อีกครั้ง พร้อมด้วยพลังที่มากกว่าเดิม ทางด้านจาร์คคิงได้รวมพลังเฮือกสุดท้ายแล้วโจมตีใส่ราชินีแห่งแสงสว่าง ทำให้เจตจำนงค์ทั้ง 3 ของควีน อันประกอบด้วย "ชีวิตหัวใจและฮาร์ตเทียลทั้ง 12" แยกออกจากกันและกระจายมาที่สวนแห่งสายรุ้ง เป็นหน้าที่ของพริตตี้เคียวที่จะต้องตามหา 3 สิ่งนั้นและทำให้ควีนกลับเป็นเหมือนเดิมให้ไวที่สุดก่อนที่จาร์คคิงจะฟื้นขึ้นมาอีกครั้ง