พยาธิกำเนิด (อังกฤษ: Pathogenesis) เป็นศัพท์ทางการแพทย์ หมายถึงขั้นตอนเหตุการณ์ที่นำไปสู่การเกิดโรค มีที่มาจากศัพท์ภาษากรีก pathos "โรค" และ genesis "กำเนิด"